La col·lecció del MASM és el resultat de la idea de conservar les obres que s’havien retirat del culte per tal de documentar-les, investigar-les i difondre-les per assegurar la seva preservació.
Tot i que la majoria d’obres del MASM tenen una procedència, iconografia i ús religiós, la seva col·lecció és heterogènia, ja que conté un important conjunt de procedència arqueològica, arts decoratives, peces de valor etnogràfic i curiositats, la majoria de les quals provenen de donacions particulars. En aquest sentit, resulta especialment important la donació de la comtessa Séguier, vídua d’un diplomàtic francès establert a l’Illa, que enriqueix el fons del Museu. També hi ha una part de la col·lecció que prové del Museu Arqueològic Lul·lià i del Museu Arqueològic Capitular.
